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La conjunción del clima y sus características geohidrológicas han conformado esta reserva como un importante hábitat de aves palustres y marinas; es la principal zona de anidación del flamenco en México junto con Ría Celestún.

Ría Lagartos es un lugar de gran interés biológico y ecológico. Algunos estudios parciales arrojan resultados de más de 450 especies de vertebrados y cerca de 100 plantas vasculares, incluyendo muchas especies que se encuentran bajo protección oficial; además es una zona ecológica crítica para la reproducción de 280 especies de aves. Es el único humedal mexicano designado por la Convención de Ramsar.

La reserva se ubica en una zona de transición de climas; la parte oeste (Estación Ría Lagartos) presenta un clima semiárido, y la parte este (Estación Cuyo) presenta un clima cálido-subhúmedo. Está conformada por planicies con pendientes suaves y uniformes.La reserva se localiza en la región geomórfica denominada plataforma yucateca, de origen kárstico, que forma parte de la llanura costera del Golfo de México.

El estero tiene una forma alargada con orientación este a oeste y con una longitud aproximada de 40 km. En realidad se trata de varios sistemas lagunares conectados por pequeños canales.

El sistema de lagunas de la reserva está formado por tres cuerpos de agua. El primero de éstos se extiende de la boca San Felipe a la boca del canal que la separa del estero Ría Lagartos; el segundo, el estero Ría Lagartos, que se extiende desde los vasos de evaporación de la salinera a La Angostura y el tercero de La Angostura al extremo oriental del llamado lago Flamencos.

En la parte sur de la reserva hay algunos petenes y manantiales, lo que ha influido en los asentamientos de la población. La reserva pertenece a la provincia florística península de Yucatán, región caribeña del reino neotropical; la flora de esta región es de influencia antillana y de la península de Florida. La fisiografía del área de la reserva permite la existencia de varios tipos de hábitat caracterizados por su proximidad al mar, a la laguna o a tierra firme; con base en esta característica, la vegetación se agrupa de la siguiente manera: vegetación sumergida, duna costera, manglar, selva baja caducifolia, tular-carrizal-pastizal y petenes. Estas variaciones promueven el incremento de la diversidad de plantas y animales.

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